新三板推出后，总体运行稳定，但分化较大，创新层和精选层股票表现较佳。
表征新三板总体走势的代表性指数――三板成指经历了先连续下跌，后又持续反弹的过程。
资料显示，三板成指是由中证指数公司发布，以具有代表性的全国股转系统挂牌公司作为成份股，指数样本覆盖了新三板85%左右的市值，包含协议、做市等各类转让方式的股票，具有良好的市场代表性。三板成指也是全国股转系统和中证指数公司联合发布的首批指数。
行情数据显示，三板成指在2015年3月18日发布首日收盘价为1439.88点，当年4月一度冲高至2134.31点，其后经历了绵绵阴跌的过程，至2019年10月跌破900点。
此后，三板成指开始了温和反弹的过程，2020年指数上涨8.83%，2021年初至今则小幅下跌1.71%。
与三板成指相比，创新成指的表现则强劲很多，该指数全称为全国中小企业股份转让系统创新层成份指数，于2019年1月14日正式发布，基点1000点。
行情数据显示，创新成指上市首日收盘报980.46点，此后一年多持续上涨，至2020年7月一度涨至1666.92点，此后，该指数连续温和调整，最新点位报1445.51点。
资料显示，创新成指样本空间选取属于最新创新层名单的股票，选样方法包括对样本空间内挂牌公司按照过去六个月日均成交金额和日均总市值进行排名，所得排名相加得到综合排名；按照市值覆盖样本空间内挂牌公司总市值的85%纳入综合排名靠前的股票，构成最新一期创新成指样本股。
与上述新三板股票相比，新三板精选层股票表现则明显强势。
以编制的三板精选指数为例，该指数一年多前发布时点位在1000点左右，但此后强劲上涨，目前点位已接近1900点，该指数今年以来涨幅高达65.91%，远超同期三板成指和创新成指表现，也远超同期上证指数和深证成指表现。
数据显示，在剔除2021年挂牌股票后的41只精选层股票中，有38只股票年内上涨，仅3只下跌。上述41股年内平均上涨43%。
