目前，我国生物医药产业已初步形成以长三角、环渤海为核心，珠三角、东北等中东部地区快速发展的产业空间格局。此外，中部地区的河南、湖南、湖北，西部地区的四川、重庆也已经具备较好的产业基础。
1、环渤海地区产业集群
环渤海地区生物医药人力资源储备最强，拥有丰富的临床资源和教育资源。各省市在医药产业链方面具有较强的互补性，围绕北京形成了创新能力较强的产业集群。环渤海包含了北京、天津、河北和山东等地，其中北京以其高度集中的科研人才成为生物医药的研发中心，初步形成以生命所、芯片中心和蛋白质组中心为主体的研发创新体系;天津以出口为导向是关键技术的转化基地;河北和山东拥有较好的医药基础和丰富的生物资源，是环渤海地区最重要的生物医药制造业大省，其中，山东省行业产值、利税多年来位居全国前列。
2、长三角区域产业集群
长三角地区生物医药产业创新能力和国际交流水平较高，拥有最多的跨国生物医药企业，在研发与产业化、外包服务、国际交流等方面具有较大优势，形成了以上海为核心，江苏、浙江为两翼的生物医药产业园区。其中，上海聚集了世界前十强药企，研发密集、融资条件较好，是我国研发和成果转化中心;江苏是生物医药产业成长性最好最活跃的地区，生物医药产值位居全国之首;浙江杭州经济技术开发区是国家生物高技术产业基地，生物医药产业作为开发区的优势主导产业，拥有辉瑞、礼来、默沙东等300余家优质企业，同时杭州东部医药港小镇主要引进生物技术制药、生物医学工程等高端研发及生产项目，并形成了一个500亿级的生物医药产业集群。
3、珠三角区域
珠三角地区市场经济体系成熟，市场潜力巨大。珠三角地区医药流通体系发达，毗邻港澳，对外辐射能力强，民营资本比较活跃。围绕广州、深圳等重点城市形成了商业网络发达的生物医药产业集群。深圳生物医疗设备、生物制药企业规模全国领先，以创新药物研发和产业化、药品制剂出口和生物医药研发外包为核心的产业体系发展较快;广州生物医药产业集群已形成了“两中心多区域”的产业布局，聚集了150多家生物企业和一批国家级生物科研机构，形成了从生物技术研究、中试到产业化的完整产业链条。
此外，我国其他地区也形成了大大小小的生物医药产业群落。成渝经济圈在生物医学工程领域创新活跃，是西部地区重要的生物医药成果转化基地;以长春市为核心的长吉图地区是亚洲规模较大的疫苗生产基地;长株潭地区拥有长沙高新区、浏阳生物医药园等多个生物医药产业基地，产业基础雄厚;武汉城市群聚集了各类研发机构及知名企业300余家，已形成支撑创新、产业化发展，较为完善的平台和环境。
