1. 两票制政策演进历程
地方先行探索，福建省率先执行。2006年，两票制首次由广东省提出，后因工业企业和代理商集体抗议而无法执行，此后，广东省勉强将两票制写入《2008年广东省医疗机构药品阳光采购实施方案》中，但实际上并没有得到具体执行。直到2010年，福建省通过七标和八标采购在全省推行两票制，配合三明医改等政策，整体效果较为成功，其经验也被国家版两票制所借鉴。
国家版两票制2016年出台，17年完善试点，18年在全国执行。2016年，国务院常务会议确立《深化医药卫生体制改革2016年重点工作任务》，首次从国家层面提出要求综合医改试点省份推行两票制，压缩流通环节。此后各省陆续出台相关政策，确定两票制执行的时间表及实施方法。虽然国务院明确两票制为“生产企业到流通企业开一次发票，流通企业到医疗机构开一次发票”，但并未对何为生产企业及流通企业做出明确定义，从而引发业界讨论。为进一步厘清界定两票制，2017年1月，国务院颁布了《关于在公立医疗机构药品采购中推行“两票制”的实施意见（试行）的通知》，解决了业界长久以来的争议，并要求17年现在综合医改试点省（区、市）和公立医院改革试点城市的公立医疗机构率先执行，争取2018年在全国全面推开。
2. 国版两票制界定清晰，监管环节完善
《通知》中明确定义，“两票制”是指药品生产企业到流通企业开一次发票，流通企业到医疗机构开一次发票。《通知》还进一步明确生产企业包括1）药品生产企业；2）科工贸一体化集团型企业设立的仅销售本企业（集团）药品的全资或控股商业公司（全国仅限1家商业公司）；3）境外药品国内总代理（全国仅限1家国内总代理）。同时，还规定药品流通集团型企业内部向全资（控股）子公司或全资（控股）子公司之间调拨药品可不视为一票，但最多允许开一次发票。
弹性执行，偏远地区可“三票”。而对于特别偏远、交通不便特别偏远、交通不便的乡（镇）、村医疗卫生机构配送药品，允许药品流通企业在“两票制”基础上再开一次药品购销发票。麻醉药品以及第一类精神药品的流通经营则仍按国家现行规定执行。
综合来看，如果不算流通企业集团内部的一票，整个流通环节最多只能开三票（到边远地区），一般情况下将以两票为主，一些政策更为“激进”的地区甚至能达到一票（直销），远比原有流通体系中常见的7票/8票要少。配合《通知》对发票开具及查验的严格要求，未来可预见原有的大批纯过票公司将退出历史舞台，而各省在实际过程中对龙头企业的政策倾斜，以及无法承担长回款期将导致中小型药品批发企业难以生存，未来将逐步被龙头企业兼并，行业集中度将大幅提升。
3. 两票制+营改增双管齐下，改写行业格局
分析两票制对药品流通业的影响难以绕开营改增，两个政策实际上是一套组合拳，两票制限制流通过程发票数量，而营改增则将发票性质定性为监管更严格且方便的增值税票，两者形成监管闭环，限制流通环节数量，改写行业生态。
由于两票制限制了流通过程发票数量，以往通过厂商低开+过票形式环环加成到终端的模式变得不再可行，生产厂商只能从低开代理转向高开自营或高开佣金模式。高开模式之下，生产企业应税基数增高，存在找寻增值税进项税进行抵扣的需求，这为一些有营销业务能力的代理商提供了市场，他们可以藉此转变为CSO组织，进入生产厂商的业务体系。另一方面，没有业务能力的纯过票公司将逐步消亡。
营改增实施形成发票监管闭环，企业难再开票冲账。两票制若没有营改增的辅助，其执行效力将大打折扣。因为在营业税的体系下，营业税票通常为手工开具，难以监管校对，且定额税较少被查验，企业虚开发票成本低。但转为增值税体系以后，增值税票直接通过国家金税系统开具，项目清晰，同时由于需要进行进项税抵扣，要求对其税票进行查验，这样便加大了企业虚开发票的难度。此外，不同于虚开营业税票仅会遭到行政处罚，虚开增值税是刑事犯罪，具有相当的阻吓作用。
营改增后，全行业税负将加重。根据营改增相关规定，医药物流业属于交通运输业，适用税率为11%，虽然其仅对增值部分征税，且可以用进项税抵扣，但由于医药企业普遍进项税较少，加之中间过票承担部分税负的公司被清出，税负仅由生产企业，流通企业和医疗机构三者承担，因而多数企业反映税负有所加重。
